| Pré-
et postanalytique en microbiologie clinique
Hans H. Siegrist
Institut Neuchâtelois
de Microbiologie
Rue Sophie-Mairet 17
CH-2300 LA CHAUX-DE-FONDS
Tél. : +41 32 967 21 01
Fax : +41 32 968 26 43
E-mail : hans.siegrist@fnis.etatne.ch
L'analyse microbiologique au laboratoire
n'est que l'un des éléments d'une longue chaîne d'événements devant conduire
à la bonne prise en charge du patient. On oublie trop souvent que plusieurs
maillons de cette chaîne peuvent influencer considérablement les résultats
obtenus au laboratoire.
L’échantillon
en préanalytique : les six facteurs déterminants
Le
site de prélèvement
- site de l’infection
Le conditionnement
- milieu de transport
- aérobie/anaérobie
Le stockage avant acheminement
au laboratoire
- température
Le transport
- délai
- conditions ambiantes
La réception au laboratoire
Le stockage au laboratoire
Le
transport au laboratoire
Cet aspect du problème
est devenu extrêmement préoccupant en Suisse. Le prescripteur ne dispose
que de 2 possibilités:
Envoi
par la poste
- de moins
en moins fiable (courrier A)
- dimensions encombrantes (lettre ® colis)
- transports rapides excessivement chers
Service
de transport privé
-
l'emploi d'un coursier pour le ramassage entraîne des contraintes (rayon
d'activité, horaire des passages)
- coût élévé du recours à des sociétés privées
Le
guide de l'utilisateur INM
Pour fournir
à tous ses prescripteurs des conseils et des recommandations quant à la
bonne utilisation de ses services, l'Institut Neûchatelois de Microbiologie
(INM) édite depuis 2000, un Vademecum qui indique entre autres :
Quelles analyses peuvent
être confiées à l'INM, comment, où et dans quel délai elles seront réalisées
(tableau 1).
| Clinique |
Principaux
agents pathogènes |
Diagnostic
de laboratoire |
Lieu
(AST = analyse
sous-traitée) |
| Septicémies
|
Bactéries
Gram+ et Gram-
Aérobies et anaérobies |
Hémocultures
(2-3 paires/24h),
Incubation jusqu’à 7 jours |
INM |
| Mycobactéries |
Hémoculture
(Bactec 13A) |
| Champignons
(routine) |
Hémocultures
(3 triplets),
Incubation jusqu’à 14 jours |
| Champignons
dimorphiques ou « exotiques » (Histoplasma, Coccidioides,
etc.) |
Hémocultures
(3 triplets),
Incubation jusqu’à 30
jours |
| Endocardites
|
Bactéries
Gram+ et Gram-
Aérobies et anaérobies,
éventuellement champignons |
Hémocultures
(3 paires ou plus/24h), Incubation jusqu’à 30 jours |
| Infections
associées au port de cathéters |
Staphylocoques,
Candida
spp. |
Hémocultures,
Culture des points de cathéter |
| Myocardites,
péricardites |
Staphylocoques
dorés,
Pneumocoques,
Entérobactériacées,
Mycobacterium tuberculosis,
Champignons |
Hémocultures,
Cultures de ponctions, de biopsies |
| Leptospires |
Sérologie |
AST |
| Virus |
Culture
virale,
PCR |
| Mycoplasma
pneumoniae |
Sérologie |
INM |
| PCR |
AST |
| Coxiella
burnetti (fièvre Q) |
Sérologie |
AST |
Tableau
1. Analyses effectuées par l'INM.
Des recommandations concernant
les données cliniques à transmettre impérativement
au laboratoire
La qualité du résultat
de l'analyse bénéficiera largement d'un minimum d'informations de la part
du prescripteur, en particulier sur les points suivants :
Infection
suspectée
- diagnostic
présumé
- description clinique
Autres
maladies concomitantes
- immunodépression
- diabète
Antibiothérapie
- quel
antibiotique?
Des règles de prélèvement
L'analyse bactériologique
n'est possible que si les règles de prélèvement (Tableau 2) sont respectées.
| Prélèvement |
Examens
de routine |
Sur
demande |
Quantité/Milieu
de Transport |
Indications
particulières |
| LCR |
Culture
(aéro + ana) |
Cryptococcus
neoformans (culture et détection antigénique par agglutination)
Mycoses |
>
3 ml dans un tube stérile pour la routine, plus si d’autres
examens |
Ne
pas réfrigérer si méningites bactériennes sont demandées, prélever
en même temps du sang pour hémocultures |
| Mycobactéries |
>
3 ml |
| Sérologie |
>
1 ml dans un tube stérile, plus si d’autres examens |
Prélever
en même temps du sang pour l’analyse du sérum |
| PCR
(virus,toxoplamose, mycobactéries) |
>
0.5 ml (virus)
> 2 ml (autres) |
Réfrigérer! |
| Parasites |
>
1 ml |
|
| Liquide
de ponction Liquide
pleural
Liquide articulaire |
Culture
(aéro + ana)
Examen
microscopique
+ gonocoques |
Mycobactéries
Mycoses
Actinomycètes |
5
– 10 ml dans un tube stérile |
|
| Parasites |
|
|
| +
Legionella spp. (culture) |
|
|
| +
Brucella spp. |
|
Incubation
jusqu’à 4 semaines |
| Abcès,
pus |
Culture
(aéro + ana)
Examen microscopique |
Mycobactéries
Mycoses
Actinomycètes |
Matériel
prélevé de préférence à la seringue, dans tube stérile |
|
Tableau
2. Règles de prélèvement de l'INM.
Des règles particulières
sont appliquées à l'examen des expectorations (tableau 3).
| Leucocytes
|
Cellules
épithéliales |
Interprétation
|
| >
25/ champ |
>
25/ champ |
refusé
|
| >
25/ champ |
10-24/
champ |
accepté
avec remarque |
| >
25/ champ |
<
9 |
accepté
|
| 10-24/
champ |
<
9 |
accepté
|
| <
9 |
<
9 |
refusé
|
Tableau
3. Critères d'exclusion des expectorations.
Des recommandations concernant
l'importance de l'antibiothérapie
Prélever, si possible avant
tout traitement antibiotique
Interrompre, si possible, le traitement antibiotique
Spécifier les antibiotiques et la durée de traitement.
La figure 1 montre l'influence
néfaste des antibiotiques sur le résultat d'hémocultures de sujets infectés,
tandis que la figure 2 illustre l'importance du volume de sang mis en
culture.
| 
Fig.
1. Influence de l'antibiothérapie sur les hémocultures (Rohner
P, Auckenthaler R. Clin. Microbiol. Infect. 1999; 5: 513-529).
|
| 
Fig.
2. Influence du volume de l'échantillon sur les hémocultures (Rohner
P, Auckenthaler R. Clin. Microbiol. Infect. 1999; 5: 513-529).
|
Des recommandations concernant
la qualité de l'échantillon
et les problèmes
de contamination
Les causes
de déterioration d'un échantillon bactériologique sont multiples. Elles
sont fonction du type d'échantillon, de la durée du transport et de ses
conditions (température) ou d'une contamination lors du prélèvement (tableau
3).
| Lieu
de l’infection |
Source
de la contamination |
| Oreille moyenne
|
Conduit auditif externe
|
| Voies respiratoires inférieures
|
Oropharynx |
| Sinus |
Nasopharynx |
| Vessie |
Urètre et périnée
|
| Endomètre |
Vagin |
| Plaies superficielles
et infections sous-cutanées |
Peau et muqueuses
|
| Fistules |
Tractus gastro-intestinal
|
Tableau
3. Principales sources de contamination des échantillons en bactériologie.
Le problème de la contamination
a conduit notre Institut à édicter des règles très précises pour l'interprétation
des urines (tableau 4).
| Numération |
Nombre
de souches |
Résultat |
| 103
|
1 |
Identification + antibiogramme
si pyélonephrite aiguë et uropathogène reconnu |
| 103
|
>1 |
Croissance non significative
|
| 104 |
1 |
Identification + antibiogramme
|
| 104 |
>1 |
Croissance non significative
|
| >
105
|
<
2 |
Identification + antibiogramme
|
| >
105
|
>2 |
Identification
+ antibiogramme seulement sur demande justifiée |
Tableau
4. Règles d'analyse des urines.
Les
analyses inutiles
Dans cette vaste catégorie,
on trouve :
| • |
Infection
urinaire non compliquée chez la jeune femme : dans 90%
des cas, on trouvera E. coli et dans 5% des cas, Proteus mirabilis.
|
| • |
Syndrome
uréthral : on retrouve Staphylococcus saprophyticus ou
Chlamydia trachomatis
|
| • |
Traitement
préalable aux antibiotiques |
| • |
Sonde
urinaire : l'analyse est inutile lorsque le
patient
est asymptomatique. Il en va de même pour une mise en culture de
la sonde. |
| • |
Coprocultures/parasitologie
de routine dans les 3 premiers jours d'une hospitalisation
|
| • |
Culture
LCR pour mycobactéries
avec des valeurs normales en cytologie, glucose et protéines
|
| • |
Cultures
de mycobactéries
chez des patients sans Mantoux et/ou radiographie du
thorax |
| • |
Plusieurs
échantillons/jour
(exceptions: hémocultures, coprocultures) |
| • |
Echantillons
contaminés :
frottis buccal, abcès rectal, ulcères, lochies, sondes urinaires,
vomissures etc. |
Hémocultures
: clinique et infectiologie
Le tableau 5 présente les
principales associations entre le tableau clinique et l'hémoculture positive.
| Type
de micro-organisme |
Pathologie
|
| Entérobactéries
|
sepsis
urinaire, cholangite |
| Salmonella
typhi |
fièvre
typhoïde |
| Streptococcus
pneumoniae |
pneumonie
|
| Streptococcus
pyogenes |
érysipèle,
fasciite nécrosante |
| Streptocoques
a-hémolytiques
|
endocardite, patients immunodéprimés, nouveau-nés
|
| Streptococcus
bovis |
tumeurs
du côlon |
| Staphylococcus
aureus |
lésions
cutanées, endocardite |
| Staphylocoques
coagulase-négatifs |
cathéters,
implants |
| Capnocytophage
canimorsus |
morsure
de chien |
| Pasteurella
multocida |
morsure
de chat (chien), endocardite,
pneumonie |
| A. actinomycetemcomitans
(HACEK) |
endocardite
(hygiène dentaire) |
| Hémoculture
polymicrobienne |
immunodéprimés,
cirrhose, cancer colique, brûlures,
escarres
|
Tableau
5 : Hémocultures et clinique.
Intérêt
et limites de l'antibiogramme
Le tableau
6 illustre les performances de l'antibiogramme selon l'état du patient
et la technique utilisée.
| Méthode |
Patient
immunocompétent |
Patient
immunodéprimé ou infection
sévère |
Diffusion
(Kirby-Bauer) |
S : excellente
R : moyenne |
S : moyenne
R : excellente |
| CMI |
S : excellente
R : moyenne |
S : moyenne
R : excellente |
| CMB |
S : excellente
R : moyenne |
S : moyenne
R : moyenne |
Tableau
6 : Valeur prédictive de l'antibiogramme (CMI: concentration minimale
inhibitrice; CMB: concentration minimale bactéricide).
Place
du laboratoire en cas de bactériémie
A quoi sert vraiment le
laboratoire de bactériologie? Des études récentes démontrent, si besoin
est, que son rôle est déterminant tant pour la survie du patient que sur
le plan économique.
Le tableau 7 montre ce que l'on
peut espérer d'un traitement en l'absence de tout examen de laboratoire.
| Type
de micro-organismes |
Pourcentage de traitements corrects |
| Coques
à Gram positif |
59% |
| Bacilles
à Gram négatif |
69% |
| Champignons |
32% |
Tableau
7 : Traitement empirique des bactériémies (Byl et al. Clin. Infect. Dis.
29; 1999: 60-66).
La même étude a ensuite considéré
l'impact de la technique de laboratoire utilisée et de la qualification
du prescripteur (tableau 8).
| |
Pourcentage
de traitements corrects |
|
| Méthode |
Nbre
patients |
Infectiologues |
Autres
médecins |
p |
| Coloration de Gram |
364 |
97% |
89% |
0.008 |
| Antibiogramme |
352 |
100% |
97% |
0.015 |
Tableau
8 : Impact du laboratoire en cas de bactériémie (Byl et al. Clin. Infect.
Dis. 29; 1999: 60-66).
En outre, les auteurs constatent
que les infectiologues sont beaucoup plus prompts à instaurer un traitement
correct (figure 3).
Figure
3 : Traitement des bactériémies (Byl et al. Clin. Infect. Dis. 29;
1999: 60-66). |
Enfin, cette étude met en évidence
le risque mortel encouru par les patients en cas de traitement incorrect
(tableau 9).
| |
Nombre
(%) de décès dus à l'infection/décès totaux |
|
| Choc
septique |
Nbre
épisodes |
Traitement
correct |
Traitement
incorrect |
p |
| Absent |
370 |
10/222
(4,5) |
18/148
(12) |
0.01 |
| Présent |
47 |
23/36 (64) |
6/11 (55) |
0.73 |
Tableau
9 : Bactériémie et mortalité (Byl et al. Clin. Infect. Dis. 29; 1999:
60-66).
Conclusion
Bénéfices de la prise
en charge optimale des hémocultures positives :
| • |
Diagnostic
rapide |
| • |
Antibiothérapie
ciblée |
| • |
Mortalité
réduite |
| • |
Réduction
des coûts :
–
Economie d’antibiotiques
–
Limitation de la durée d’hospitalisation |
| 
